| Region | Partner | Program Area | Maps |
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| National | Absolute Return for Kids (ARK) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Youth for Christ South Africa (YfC) (Youth for Christ SA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | World Vision South Africa (World Vision) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | WHC - Paediatric HIV Diagnostics, NHLS and Wits University | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | University of Western Cape | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | University of Washington (I-TECH) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | University of Pretoria, South Africa (University of Pretoria SA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | University of KwaZulu-Natal, Nelson Mandela School of Medicine (NMSM UKZN) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | University of KwaZulu-Natal (UKZN) - CAPRISA (PHE) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | University of KwaZulu-Natal (UKZN) - CAPRISA (CAPRISA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | University Research Corporation, LLC (TB Tasc) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | University Research Corporation, LLC (HCI) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | University Research Corporation, LLC (CDC VCT) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Ubuntu Education Fund (Ubuntu) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | US Peace Corps (Peace Corps) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Tshwane Leadership Foundation (NPI Round 3) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Tshepang Trust (Tshepang Trust) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Training Institute for Primary Health Care (TIPHC) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Supply Chain Management Systems Project (SCMS) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Strategic Evaluation, Advisory and Development Consulting (Pty) Ltd (SEAD) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Stellenbosch University South Africa (Desmond Tutu TB Centre) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Starfish (Starfish) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | South African Medical Research Council (MRC) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | South African Catholic Bishops Conference AIDS Office (SACBC) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | South African Business Coalition on HIV and AIDS (SABCOHA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | South Africa National Blood Service (HMBL) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Soul City (Soul City) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Sophumelela (NPI Round 2) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Senzakwenzeke (Senzakwenzeke) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Save the Children UK (SCUK) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Scripture Union (Scripture Union) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Salvation Army | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Salesian Mission (Salesian Mechs Salesian Mission) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Salesian Mission (CDC CT FOA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Right To Care (UGM) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Right To Care (Right to Care) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Research Triangle Institute (RTI International) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Reproductive Health Research Unit (RHRU) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Project Support Association Southern Africa (PSASA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Project Concern International (PCI) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Population Services International (PSI VCT Program) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Population Council SA (Pop Council SCBA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Population Council (Pop Council OVC Mapping) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Perinatal HIV Research Unit (PHRU) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Pathfinder International (Pathfinder International) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Pact (UGM) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | PATH AIDSTAR (PATH AIDSTAR) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | PATH (PATH PMTCT) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Olive Leaf Foundation (Former HWW Track 1) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Olive Leaf Foundation (Former HWW Local) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Nurturing Orphans of AIDS for Humanity, South Africa (NOAH) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | National Department of Correctional Services, South Africa (NDCS) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | National Association of State and Territorial AIDS Directors (NASTAD) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | National Association of Childcare Workers (NACCW) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Muslim AIDS Project (Muslim AIDS Project) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Mpilonhle (Mpilonhle) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Mothers 2 Mothers (M2M) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Montefiore Hospital (CDC CT FOA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Medical Care Development International - South Africa (MCDI-SA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Management Sciences for Health (SPS) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Lifeline Mafikeng (Lifeline Mafikeng) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | LifeLine North West - Rustenburg Centre (LifeLine NW - Rustenburg) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Khulisa (SA PEPFAR Partner Performance Assessment ) (SAPPPA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Khulisa (Khulisa) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Kagiso TV& Communications | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Johns Hopkins University Center for Communication Programs (JHUCCP) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | John Snow, Inc. (Safe Medical Practices) (JSI Injection Safety) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | JHPIEGO SA (CDC CT FOA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | JHPIEGO CORPORATION (ARV Program) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | JHPIEGO (ACCESS) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Institute for Youth Development (IYDSA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Ingwavuma Orphan Care (IOC) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Humana People to People in South Africa (Humana) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Human Science Research Council of South Africa (HSRC) (HSRC Program) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Hospice and Palliative Care Assn. Of South Africa (HPCA) (HPCA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Hope Educational Foundation International, Inc (Hope Education) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Heartbeat (Heartbeat FHI) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Health and Development Africa | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Health and Development Africa (HDA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Health Policy Initiative (Futures Grp International) (HPI) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Hands at Work (Hands at Work - FHI) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | HIVCARE (HIVCARE) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Grassroot Soccer (NPI Round3) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Genesis Trust (NPI Round 1) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | GRIP Intervention Program (Grip Intervention Program) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | GOLD Peer Education Development Agency (GOLD) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Fresh Ministries (Fresh Ministries) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Family Health International SA (UGM) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Family Health International SA (CTR PMTCT) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Family Health International SA (CRTU - AB) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Family Health International (MSU) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Family Health International (FHI FABRIC) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Family Health International ( ICPC) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Engender Health (RESPOND) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Elizabeth Glaser Pediatric AIDS Foundation (EGPAF Track 1) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Elizabeth Glaser Pediatric AIDS Foundation (EGPAF Local) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Education Labour Relations Council (ELRC) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | CompreCare (CompreCare) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Columbia University Mailman School of Public Health (Columbia SPH USAID Programs) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Columbia University Mailman School of Public Health (Columbia SPH Local) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Children in Distress (CINDI) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Childline Mpumalanga (Childine Mpumlanga) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Child Welfare South Africa (CWSA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Catholic Relief Services (CRS Track 1) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Catholic Relief Services (CRS Local) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | CHoiCe Trust | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | CARE South Africa (New UGM PACT) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | CARE International (Care CDC Mechanism) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Broadreach (BRHC) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Boston University (Boston U Program) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Aurum Institute for Health Research (PHE) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Aurum Health Research (Aurum Program) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | American International Health Alliance (Twinning) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | American Association of Blood Banks (AABB) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Africare | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | African Medical and Research Foundation (Care Program) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Africa Center for Health and Population Studies (Africa Centre Program) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Academy for Educational Development (Capable Partners) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Academy for Educational Development (CDC CT FOA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Woz'obona Early Childhood Community Service Group (formerly Sekhukhune) (Wozobona) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | St. Mary's Hospital (St Mary's) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | South African Clothing & Textile Workers' Union (SACTWU) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | Children's Emergency Relief International (NPI Round 2) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
| National | African Medical and Research Foundation (CDC CT FOA) | | A0 | A1 | A2 | A3 | A4 |
